Hola,
Otra opción para dejar mejor terminado el epub es, con Calibre, pasar el pdf a rtf y modificarle, puesto que el rtf se abre con Word. De esta manera podemos quitar los encabezamientos, números de página, saltos de página, cambiar el tamaño de letra, etc., del pdf. Una vez limpio, se pasa de rtf a epub con Calibre.
También se puede convertir el pdf a word con un conversor como Pdf to Word Converter, hacer las modificaciones necesarias y el doc obtenido guardarlo como rtf. Con Calibre, se pasa el rtf a epub.
No podemos pasar directamente de doc a epub, ya que Calibre no admite doc. Por eso hay que guardar el doc como rtf.
